ねずみ
日本では14種ほど知られていますが、なかでもドブネズミ・クマネズミ・ハツカネズミ・アカネズミ・ハタネズミなどがよく知られています。ドブネズミは低い所、クマネズミは高い所で、ハツカネズミは壁と壁板の間などに巣を作りやすいようです。また、アカネズミ・ヒメネズミは代表的な野ネズミです。いずれのネズミもいろいろな疾病を起こす原因になったり、器物に咬害による害を起こしたりします。
ドバト
ドバトは日本に棲息しているハトの一種です。ハトの害は糞で建物を汚すほか、糞の中には実に沢山の疾病の原因になる菌やカビが増殖しています。また、かゆみを起こすダニや寄生虫も体に付着させています。しかし、駆除や捕獲には法律による規制がある為、その都度、申請による許可が必要です。
イタチ
日本では約6種類が棲息しているといわれていますが、そのうち代表的なものでは、ホンドイタチ・チョウセンイタチの2種類です。
両種ともに石垣の間や木の根元の穴、土手などに巣を作り、時々家の天井に侵入し排泄物で天井を汚したりします。また、ニワトリなどの家畜を襲いますが、野ネズミ退治などを行う有益性もあることで捕獲は法律により強く規制されています。
コウモリ
我が国には約30種類が棲息しているといわれていますが、問題になるのはイエコウモリのようです。行動は夜行性で、家屋の羽目板や土壁の間から侵入し、日没後30分位までの間に屋外へ飛び出します。コウモリはいろいろな病原体の保有宿主となっている（狂犬病ウィルスや
日本脳炎ウィルスに感染しているものもいる）という報告もあります。